Suite à une première expérimentation en 1997, le Programme Développement Institutionnel a été lancé en 1998 pour renforcer les compétences collectives du Groupe en matière de compréhension des enjeux institutionnels des interventions de développement. Il comprenait 4 grands axes : deux sous-programmes transversaux, des fonds souples, un séminaire, et la constitution de références sur le sujet.